游戏初始需从家中二楼出发，与母亲对话后前往大木博士研究所，会触发与劲敌小茂的初次对战。无论选择小火龙、杰尼龟或妙蛙种子作为初始宝可梦，对手必定选择属性克制的精灵，此战为固定剧情杀，胜负不影响后续进展。战斗结束后需摧毁门口公告牌以解锁地图探索功能。若中途血量不足可返回家中与母亲对话恢复状态。常磐市商店需领取包裹并交还博士，完成后获得宝可梦图鉴，这是推进主线的重要道具。
前期资源管理直接影响中期战斗效率。离开真新镇后，常磐森林左上角隐藏伤药需优先拾取，该道具在初期续航中作用显著。首个道馆尼比市的岩石系阵容对水系或草系精灵压制较强，建议将初始精灵提升至18级以上再挑战。月见山洞穴内可获取化石道具，选择龟壳化石或甲壳化石会影响后期可复活的神兽类型。野生原野区需在600步限制内获取金假牙，交付后解锁冲浪术，这是探索水域的关键技能。
枯叶市圣安奴号游轮任务中，需击败船舱内所有训练师并与船长对话获取一字斩，该技能用于清除道馆入口障碍。彩虹市游戏厅击败火箭队成员可获得观测镜，用于解除紫苑镇灵骨塔的幽灵状态。金黄市格斗道馆挑战胜利后，需在沙瓦郎与艾比郎中二选一，两者分别侧重物攻与速度培养。浅红市野生原野区迷你龙需通过垂钓获取，其进化型快龙是后期主力之一。
华蓝洞窟超梦需完成七之岛任务且图鉴数量达60以上方可挑战。8号岛屿剧情需通过神秘船票或金手指代码02031CF0:3a02解锁。宝可梦技能回忆需消耗心之鳞片，该道具可通过击败特定训练师或拾取隐藏物品获得。二周目开启前提为击败四天王并集齐60种图鉴，大木博士会升级全国图鉴，部分神兽仅在此阶段出现。
队伍搭配需兼顾属性平衡与技能覆盖。电系精灵应对水系道馆优势显著，但需防范地面系反制。鬼斯通进化型耿鬼的特攻组合可压制超能系，但需注意恶系技能缺失问题。暴鲤龙的水飞双属性惧怕电系攻击，建议搭配避雷针特性精灵协同作战。技能机使用前需确认覆盖范围，例如冲浪术可被多数水系精灵学习，而破坏光线等高威力技能则存在回合限制。
存档机制需特别注意模拟器兼容性问题。部分GBA模拟器运行叶绿版时可能出现存档错误提示，建议优先使用即时存档功能作为备用方案。游戏内正常存档需确保电池记忆功能正常，若出现数据丢失可通过重启模拟器或更换ROM文件解决。通关后存档可继承至二周目，但部分事件如三圣鸟捕捉仅限一次机会，建议提前规划捕捉顺序。
